Uma análise feita pela Casa Civil em 2005 já detectava uma série de limitações do Plano de Ação para a Prevenção e Controle do Desmatamento na Amazônia Legal, lançado em 2004. As falhas observadas pelo governo federal na época seguiram existindo e, dessa maneira, não evitaram a volta da tendência de crescimento do desmatamento, de acordo com ambientalistas que acompanham o plano desde o seu lançamento.
A análise do governo indica, por exemplo, ?a existência de um número excessivo de ações e atividades no desenho atual do Plano algumas com baixa relevância para o alcance de seus objetivos, o que tem contribuído para tendências de dispersão e dificuldades de gerenciamento?.
Um exemplo da incoerência do plano é o investimento de R$ 10 milhões para controlar e erradicar a febre aftosa nos rebanhos da Amazônia. O gado na região tem sido apontado justamente como um dos motores por trás da retomada do desmatamento da floresta. No entanto, o projeto foi apresentado como uma forma de fomentar atividades sustentáveis, que não exijam a derrubada da mata.
Segundo Paulo Adário, coordenador da campanha, ?o governo perdeu uma oportunidade enorme? ao não adotar em tempo as medidas estruturantes do plano. ?É uma crônica da morte anunciada: bastou as commodities subirem para o desmatamento aumentar.
O documento da Casa Civil também fala em ?falta de utilização adequada de indicadores e metas qualitativos e quantitativos no planejamento operacional e atividades de monitoramento?. O plano original fala em medidas em curto, médio e longo prazos, contudo não indica exatamente quais prazos e metas são esses.