Responsável pelas negociações nas seis primeiras horas de seqüestro, o comandante do Policiamento da Baixada, tenente-coronel PM Sérgio Meinicke, acusou a Polícia Rodoviária Federal (PRF) de ter "atrapalhado muito" seu trabalho. Meinicke disse que o objetivo da PM era não interromper o tráfego na Rodovia Presidente Dutra, conduzindo o ônibus até uma via lateral.
No entanto, de acordo com Meinicke, os policiais rodoviários bloquearam o coletivo, que acabou estacionado no quilômetro 176 da rodovia, ao lado de uma lanchonete da rede Habib’s, após perseguição policial. "É muita gente pensando. A PRF queria até dar um colete para ele. Não sei quem estava à frente da PRF", disse o coronel, logo depois de ser afastado do comando da negociação pelo comandante-geral da PM, coronel Hudson de Aguiar.
Em substituição a Meinicke, três negociadores do Batalhão de Operações Especiais (Bope) da PM assumiram o trabalho. "Optamos por um outro tipo de ação, com os técnicos do Bope", declarou Aguiar. A principal diferença em relação ao caso do seqüestro do 174 foi a aplicação de um isolamento que impediu a aproximação de pessoas do ônibus e a ausência dos atiradores de elite que, em 2000, mantiveram o seqüestrador sob mira durante todo o tempo.
A eventual participação de policiais civis na negociação foi mais um fator que mostrou o desentendimento entre os comandos das polícias Militar e Rodoviária Federal. Por volta das 11 horas, o inspetor Rossano de Oliveira, chefe da 6.ª Delegacia da PRF na Dutra, disse que a chegada de uma equipe de negociadores da Polícia Civil estava prevista. Duas horas depois, o comandante da PM afirmou que o coordenador da operação era o tenente-coronel Meinicke e que a Polícia Civil não participaria da negociação.
O inspetor Hélio Dias, chefe da Comunicação Social da PRF no Estado e que participou da operação, negou a hipótese de desentendimento entre as corporações. Dias disse acreditar que a PM aprendeu com o episódio do ônibus 174 e adotou procedimentos diferentes, como o isolamento da área. Apesar do elogio, o inspetor afirmou que a troca de comando durante o processo "não é muito indicada".
"O seqüestrador precisa ter confiança em alguém", disse Dias, que ressaltou não estar julgando o trabalho das instituições. "A negociação não está a cargo da PRF, apesar de termos aqui policiais preparados para isso", acrescentou. "O trabalho da polícia foi perfeito", declarou, logo após o desfecho do caso, o coronel Romilton Souza, comandante do Batalhão de Choque da PM.