Insatisfeitos com o resultado dos pleitos, eleitores realizaram protestos em três cidades pernambucanas: Vitória de Santo Antão, na região metropolitana, e Brejo da Madre de Deus e Gravatá, no agreste. O caso mais sério ocorreu em Vitória de Santo Antão, onde eleitores entraram em confronto com policiais militares na noite desta segunda-feira (6) e apedrejaram carros e o Fórum da cidade. A polícia usou bombas de gás de efeito moral e tiros de balas de borracha para dispersar a multidão. Um homem foi atingido.
Cerca de 30 pessoas foram presas e depois liberadas, entre elas um radialista apontado como um dos responsáveis pelo tumulto, a partir da divulgação de boatos de que nem todas as urnas haviam sido apuradas, o que poderia ter causado a derrota do candidato do PSB, Demétrius Lisboa, para o democrata Elias Lira, por 232 votos. Nesta terça (7), a Polícia Militar fez ação preventiva na cidade, com bloqueios na área central, onde eram feitas abordagens policiais. A situação estava tranqüila.
Em Gravatá, onde o candidato Ozano (PSDB) ganhou por 90 votos de Bruno Martiniano (PTB), eleitores de Martiniano se mostravam indignados com a notícia de que seis urnas não haviam sido computadas. Já em Brejo da Madre de Deus, cerca de 300 títulos foram cancelados e os eleitores não puderam votar. O fato foi apontado como decisivo no resultado da eleição local. O vitorioso, dr. Edson (PTB), ganhou por 530 votos. Manifestantes cercaram o fórum e a polícia foi acionada.
O corregedor do Tribunal Regional Eleitoral de Pernambuco (TRE-PE), Silvio Romero, garantiu que os resultados nos três municípios estão corretos, sem a ocorrência de nenhuma irregularidade. Segundo ele, todas as urnas de Vitória de Santo Antão foram apuradas. Em Gravatá, as seis urnas que foram alvos de reclamação por não computação de votos foram agregadas a outras seções por terem pequena quantidade de eleitores. Em Brejo da Madre de Deus, os títulos foram cancelados em 2006 porque se referiam a pessoas que moravam em outros municípios. Todos eles foram notificados e tiveram tempo para se justificar. Não cabe recurso contra o cancelamento.