As Forças Armadas sempre tiveram forte resistência à nomeação do ministro da Defesa, José Viegas. As reações foram sentidas mesmo antes da posse do presidente Luiz Inácio Lula da Silva, em 1.º de janeiro de 2003, e continuaram pelos dois anos e dez meses em que Viegas esteve à frente da pasta. Sempre que puderam, os militares vazaram informações que o comprometiam, a exemplo de gastos de R$ 400 mil com a reforma da sua residência oficial, uso de carro do ministério pela mulher, Érika Viegas, e até compras pessoais com cartão corporativo do governo.
Em abril, a situação agravou-se de vez, quando os três comandantes militares manifestaram-se, publicamente, a favor de um reajuste de 30% para as Forças Armadas. Viegas, a quem acusavam de não se empenhar para melhorar o soldo das tropas, fez valer a hierarquia e proibiu os comandantes de dar declarações públicas. Mas a medida não adiantou. Os militares continuaram a falar, publicamente. Em junho, o comandante da Marinha, almirante Roberto de Guimarães Carvalho, quebrou, mais uma vez, a cadeia de comando e, na frente de Lula, queixou-se da falta de dinheiro.
Nos bastidores, as expressões usadas por militares para se referir ao ministro da Defesa eram depreciativas e, às vezes, até agressivas. Foram também os militares que vazaram as informações de que Viegas usara um avião da Aeronáutica para um passeio com a família, em Mato Grosso. E que a funcionária civil Iris Dias Maciel de Lima recebia salário equivalente a R$ 4.800 00 (DAS-4, função de assessoramento superior) para fazer o papel de dama de companhia, em casa, à mulher Érika.
As colunas políticas sempre foram muito bem alimentadas de notas contrárias a Viegas, sempre com origem na caserna. Em maio, por exemplo, estourou a notícia de que o ministro havia assinado seis meses antes um contrato de R$ 1,9 milhão com a Fundação Getúlio Vargas (FGV), sem licitação, para um estudo da reengenharia das Forças Armadas. O projeto foi entregue a Antonio Bogado, amigo do ministro. Viegas foi chamado ao Congresso para dar explicações sobre esse contrato.
A crise chegou ao clímax em 17 de outubro, quando o Exército emitiu nota segundo a qual, durante o governo militar, combateu o “movimento subversivo” e o “movimento comunista internacional”, para rebater a notícia de que o jornalista Vladimir Herzog, morto nas dependências do DOI-Codi, em São Paulo, em 1975, fora submetido a situação humilhante. Viegas aguardou cinco dias e pediu demissão.