Assim como era esperado, o segundo turno realizado em 43 municípios de 19 estados e com a participação de 27,3 milhões de eleitores transcorreu de forma tranqüila, de acordo com a Justiça Eleitoral. O número de urnas substituídas até o meio da tarde era de 428, o equivalente a 0,64% do total de 66.737 urnas utilizadas. Das urnas quebradas, apenas 25 foram substituídas por processo manual, com cédula de papel. Tropas federais foram enviadas para os municípios de Belém (PA), Manaus (AM), Campina Grande (PB) e Campos (RJ) para reforçar a segurança.
Principal corte da Justiça Eleitoral, o TSE foi pouco acionado. O destaque ficou com o vice-prefeito de Mauá e candidato à Prefeitura pelo PT, Márcio Chaves. Ele tentou convencer até a última hora o TSE a voltar atrás na decisão que impediu a realização do segundo turno no município do ABC paulista. No entanto, pela segunda vez no fim de semana, o corregedor-geral eleitoral, Francisco Peçanha Martins, rejeitou o pedido de Chaves, confirmando que não seria realizado o segundo turno em Mauá.
Peçanha Martins considerou impossível atender o pedido do petista. Ele observou que Chaves, primeiro colocado no primeiro turno, teve seus votos anulados em decorrência da cassação do registro de sua candidatura pelo TSE por supostas irregularidades na campanha eleitoral. Com a cassação do registro, o Tribunal Regional Eleitoral (TRE) de São Paulo anunciou como eleito o segundo colocado no primeiro turno, Leonel Damo (PV).
Com algumas exceções, especialmente no Rio de Janeiro, que teve processo conturbado, a apuração de votos foi mais rápida do que no 1.º turno. Até as 20h, 22 cidades das 43 já tinham os seus resultados definitivos, entre elas 11 capitais.