Depois de dois anos, o Atlético voltou a disputar o Campeonato Paranaense com sua equipe principal. Mas isso não impediu um começo irregular. O Furacão até que estreou bem, vencendo o Operário, atual campeão, por 2×0, em Ponta Grossa. Porém, o futebol apresentado não empolgava a torcida e os resultados oscilavam bastante. Tanto que no empate em 1×1 com o Foz do Iguaçu, dentro da Arena da Baixada, foi a gota d’água para a paciência da diretoria.
O técnico Cristóvão Borges não resistiu e foi demitido. A diretoria trabalhou rápido e trouxe Paulo Autuori para o lugar. Ele estreou no comando do Rubro-Negro no dia 12 de março, com uma goleada de 4×0 sobre o PSTC, na Arena. A partir daí, o Furacão passou a mostrar uma maior consistência dentro de campo. Apesar de se dividir em três competições, o Atlético foi avançando e terminou a primeira fase do Paranaense em quarto lugar.
No mata-mata, dois jogos difíceis contra o Londrina. O primeiro, no Vitorino Gonçalves Dias, terminou empatado em 1×1. No jogo de volta, na Arena da Baixada, uma vitória por 2×0.
Nas semifinais, o time de Paulo Autuori encarou o Paraná Clube, que tinha a vantagem de decidir em casa. No Joaquim Américo, um dos melhores jogos do Atlético na temporada e a vitória por 2×1, que só não teve um placar mais elástico graças a uma atuação de gala do goleiro Marcos, que evitou uma goleada.
Na Vila Capanema, o Paraná foi para cima e venceu por 1×0, resultado que levou a decisão da vaga para os pênaltis. O Atlético foi muito mais eficiente e despachou o Tricolor.
Na grande final, mais uma vez, a vantagem de decidir em casa era do Coritiba. E foi no primeiro jogo, na Arena da Baixada, que o Furacão praticamente definiu o título. Num segundo tempo de fazer inveja, o Atlético fez três gols em 20 minutos e abriu uma enorme vantagem sobre o Coritiba.
Nesta tarde de domingo foi só confirmar o que já era praticamente certo. Sem o peso de ter que fazer o resultado, o Atlético soube controlar o jogo, resistiu bem a pressão do Coritiba e ainda fez dois gols, vencendo o jogo e conquistando o título de campeão paranaense 2016.