Campeonato Estadual
Em 2009 o Atlético voltou a erguer o troféu de Campeão Paranaense, fato que não se repetia desde 2005. O título foi conquistado na vitória sobre o Cianorte, por 2 a 0, na Arena, em 3 de maio. Com o resultado o Furacão somou mais pontos que os outros sete participantes da fase final da competição.
O campeonato foi marcado pelo supermando, que proporcionou ao time melhor colocado na fase classificatória jogar todas as partidas da etapa decisiva em seu estádio.
O Atlético foi quem conquistou o direito a essa vantagem (7 jogos na Arena), porém quase pôs tudo a perder ao ser goleado pelo rival Coritiba por 4 a 2 dentro de seu Caldeirão. No desenrolar da fase final, o Alviverde também tropeçou (empatando dois jogos) e o Furacão sagrou-se campeão.
Copa do Brasil
O Atlético sucumbiu nas oitavas-de-final ao ser derrotado pelo Corinthians (campeão da competição) por 2 a 0 no Pacaembu. O time poderia ter melhor sorte se não tivesse bobeado no jogo de ida, em Curitiba.
O Furacão chegou a estar vencendo por 3 a 0, mas deu mole e sofreu dois gols nos minutos finais. Antes de enfrentar o Corinthians, o Furacão eliminou o Tocantins (1.ª fase) e o ABC, de Natal (2.ª fase).
Copa Sul-Americana
Frequentador assíduo da Sul-Americana nos últimos anos, o Atlético fez feio na competição internacional. Foi desclassificado ainda na fase regional pelo Botafogo/RJ.
No jogo de ida empatou sem gols e teve que decidir a vaga na casa do adversário. No Engenhão, foi derrotado por 3 a 2, após sair na frente com um gol de Wesley. Depois não suportou a pressão alvinegra.
Campeonato Brasileiro
Repetindo o ano anterior, o Atlético não conseguiu fazer uma boa campanha e penou para se livrar do rebaixamento. O sofrimento só acabou na penúltima rodada, quando venceu o Botafogo por 2 a 0 na Arena. Desta vez o desempenho ruim sequer foi agraciado com uma vaga para a Copa Sul-Americana.
Desde o início do Brasileirão o Rubro-Negro não conseguiu se acertar. Tanto que a primeira vitória só aconteceu na 6.ª rodada e depois da queda do treinador Geninho.
A primeira vitória em casa foi ainda mais tarde. Ocorreu na 8.ª rodada diante do Corinthians, que atuou com uma equipe mista devido à disputa da Copa do Brasil.
A equipe rubro-negra permaneceu no mesmo marasmo com a chegada do técnico Waldemar Lemos, que durou no cargo apenas 10 rodadas. Ainda neste intervalo, a diretoria afastou cinco jogadores por motivos ainda pouco explicados, mas que estariam interferindo no bom relacionamento dentro do elenco.
Deles, apenas Netinho retornou ao grupo principal no decorrer do ano. Os maus resultados persistiram e aliada à pressão da torcida, Waldemar Lemos foi demitido após a 15.ª rodada. O segundo treinador a rodar no ano.
Reviravolta
Formado basicamente por jovens, o time do Atlético não conseguia adotar um padrão de jogo e não rendia em campo. A consequência disso foi frequentar assiduamente a zona de rebaixamento.
A solução encontrada pela diretoria foi a contratação de um velho conhecido na Baixada: Antônio Lopes. Somente com a chegada do Delegado, o Furacão começou a ganhar contornos de um time competitivo.
Aos poucos, o treinador deu equilíbrio à equipe e consertou o sistema defensivo, que era o mais vazado da competição. Melhorou, mas o rendimento continuou oscilando, principalmente porque o ataque não correspondia.
A saída pra não cair à Série B foi fazer valer o fator Arena. E sob o comando de Lopes, o Furacão não decepcionou. Mais uma vez, a torcida foi o grande diferencial.
Empurrado pela presença maciça do torcedor, o Atlético terminou o ano com uma invencibilidade em casa de 10 jogos. Assim na penúltima rodada do Brasileirão, pôs u,m ponto final na agonia do torcedor e assegurou a sua permanência na elite do futebol brasileiro.