O presidente Luiz Inácio Lula da Silva reconheceu que a questão aérea deveria ser uma responsabilidade da Aeronáutica desde o começo. "O comandante (Juniti) Saito sabe dos problemas mais do que ninguém e como encontrar uma solução", disse. Lula evitou avaliar o papel do ex-comandante da Aeronáutica, Luiz Carlos Bueno, no episódio. Em conversas reservadas, Lula teria feito críticas à atuação de Bueno que não teria informado sobre as deficiências na área de controle de vôos. "Queremos reconstruir um clima de respeito à hierarquia e de disciplina e que as pessoas saibam a sua função. Não podemos permitir que se coloque em risco a segurança das pessoas.
Sobre a punição dos controladores que se amotinaram na última sexta-feira, o presidente observou que o Ministério Público Militar entrou com um pedido de inquérito policial militar. "Vamos aguardar a apuração. O governo não vai punir ninguém e não vai punir mesmo. Até porque longe de mim de punir alguém", sem fazer referências ao pedido de anistia apresentado pelos controladores de vôo.
Lula reafirmou que vai manter no cargo o ministro da Defesa, Waldir Pires, fragilizado com as sucessivas crises no setor aéreo. Em rápida entrevista após almoço com o presidente do Equador, Rafael Correa, no Itamaraty, Lula disse que uma substituição na Defesa não é uma questão por enquanto do governo. "(Waldir Pires) vai continuar no cargo. Ministro sou eu que ponho, sou eu que tiro. Se algum dia tiver que tirá-lo, tirarei. Por enquanto, não é esta questão", afirmou.