As medidas provisórias editadas pelo governo Lula provocaram um estrago e tanto nos trabalhos da Câmara. Entre 2003 e 2006, de cada dez sessões de votação, em seis nenhuma matéria legislativa foi votada. A pauta estava travada por causa de medidas provisórias pendentes. Nessas sessões só foram votadas questões administrativas, como perda de mandato de deputados e indicações de ministros para o Tribunal de Contas da União (TCU). O pior ano foi 2005, quando o escândalo do mensalão desarticulou a base do governo: 75,84% das sessões ficaram obstruídas.
Em 2006, foram 65,71%. Entre 13 de fevereiro e 12 de julho, apenas dez sessões deliberativas foram realizadas. Nos dias 25 e 26 de abril, a pauta da Câmara ficou emperrada por sete medidas provisórias acumuladas.
Ao longo de seu primeiro mandato, Lula editou em média uma medida provisória por semana. A maioria esmagadora acabou contribuindo para emperrar a pauta da Câmara. Não foi muito diferente o desempenho do governo Fernando Henrique Cardoso em seu último ano de mandato – o primeiro em que funcionaram as atuais regras de tramitação de MPs. Em 2002, 48 das 75 sessões realizadas pela Câmara acabaram bloqueadas por causa de MPs pendentes. Ou seja, 64%.
As obstruções criaram confusão e atrasaram o exame de projetos importantes. O PSDB cita como exemplo o Super-Simples, um de seus projetos mais queridos. O texto, que amplia o acesso de pequenas e microempresas à tributação reduzida e simplificada, estava pronto para ir a votação pelo plenário desde o início de 2006, mas por causa das obstruções só teve a votação concluída em novembro.
O governo é igualmente vítima dos trancamentos. A MP que criou a Super-Receita (resultado da união das Secretarias da Receita e da Arrecadação Previdenciária) em agosto de 2005 ficou parada na fila das votações e acabou perdendo a eficácia em dezembro. Transformada em projeto de lei, tramita até hoje. Em setembro de 2003, o Executivo foi obrigado a revogar uma medida provisória de seu interesse para liberar a pauta e conseguir aprovar a emenda constitucional que prorrogou a vigência da CPMF, sem a qual previa o caos na arrecadação tributária.
A mudança na tramitação das medidas provisórias foi aprovada pelos parlamentares em setembro de 2001. Pelas novas normas, se as medidas provisórias não são apreciadas no prazo de 45 dias, passam a travar a pauta de votações no que diz respeito a matérias legislativas. Não podem ser examinados projetos de lei, propostas de emenda constitucional nem requerimentos relacionados a questões legislativas.
Além do mecanismo da obstrução da pauta, ficou estabelecido que, se não for examinada em 120 dias, a medida provisória perde sua eficácia. A possibilidade de reedição de uma mesma MP, como ocorria até 2001, também foi eliminada.
O objetivo das novas regras era conter a avalanche de reedições de medidas provisórias. Em seus dois mandatos, por exemplo, Fernando Henrique assinou mais de 5 mil reedições. Mas a mudança acabou provocando novas distorções. Para a oposição, a responsabilidade é do governo, que abusa no uso desse instrumento.