Palco do primeiro jogo da final da Copa do Brasil, o estádio São Januário não é apenas reconhecido como a casa do Vasco, mas também como o centro de polêmicas e fatos inusitados, principalmente, envolvendo clubes paranaenses. Em 1999, o Paraná Clube acabou sendo prejudicado por uma invasão de campo do ex-presidente vascaíno Eurico Miranda.
Na ocasião, o jogo estava empatado e o Tricolor possuía três jogadores a mais em campo. No entanto, o árbitro Paulo César de Oliveira alegou falta de segurança e encerrou a partida antes do tempo previsto. No ano seguinte, na decisão da Copa Havelange, as grades do estádio cederam e 168 pessoas saíram feridas, ainda nos primeiros minutos da partida entre Vasco e São Caetano.
O próprio Coritiba já viveu momentos de tensão no estádio São Januário. Em 2003, torcedores do Gigante da Colina invadiram o ônibus da delegação alviverde e agrediram jogadores e dirigentes do Verdão, entre eles o ex-presidente Giovani Gionédis.
Em 2004, quem sofreu com a pressão no estádio foi o Atlético. Na briga pelo título do Brasileiro daquele ano, o Furacão foi derrotado pelo adversário e ficou mais distante da conquista. Na ocasião, a torcida atleticana só pode entrar no estádio no segundo tempo do jogo e haviam diversos problemas nos vestiários dos visitantes – como falta de água e a suspeita de lançamento de gás de pimenta, fato que nunca foi comprovado.