O início da decadência do Palestra coincide com a ocupação territorial do interior do Paraná, principalmente Norte e Centro do Estado, com o café e a madeira, que fizeram nascer cidades fortes e que montaram times competitivos, porque tinham dinheiro e incrementaram o profissionalismo no Estado. Estes times começaram a se destacar a partir dos anos 1950. O Jacarezinho foi vice-campeão em 1951 e em 1954; o Monte Alegre foi campeão em 1955; Londrina e Mandaguari foram vice-campeões em 1959 e 1960.
Já nos anos 1960, foi a vez do Comercial de Cornélio Procópio (1961) ser campeão, seguido do Londrina (1962) e do Grêmio de Maringá (1963 e 1964). Fortes, eles criaram um processo de seleção natural no futebol da Capital. Só sobreviveram os que já atuavam no profissionalismo. Os semiprofissionais tiveram dificuldades de acompanhar o movimento e sucumbiram nos anos seguintes. Um deles foi o Palestra Itália.
Outro fenômeno que contribuiu para sepultar o time palestrino foi a unificação do campeonato estadual, até então disputados por regiões. Na nova fórmula não havia lugar para todo mundo. Na última temporada na velha fórmula, em 1965, feita para selecionar quem ia para a Divisão Especial e quem ficaria na Primeira Divisão (divisão de acesso) o Palestra ficou para trás.
Na realidade, o time começou mal a competição estreando em casa com uma derrota por 3 x 0 para o Atlético Paranaense, no dia 8 de maio, e terminou mal com outra derrota em casa, em 20 de novembro, desta vez para o Britânia, por 5 x 0. Num grupo de 13 participantes da região Sul, o Palestra terminou a competição em décimo. No ano seguinte, o clube disputou uma Primeira Divisão sem prestígio e deficitária. O campeão do Norte (Jandaia do Sul) e do Sul (Operário) disputaram quem ia subir. Deu Jandaia. No ano seguinte, 1967, o Palestra não voltou. O Nem que Morra, quem diria, morreu!
Na realidade, o Palestra ainda fez mais uma jogada na história do futebol paranaense: mas foi o último mergulho em direção ao esquecimento. Um mergulho feito com outros dois clubes que encheram o futebol paranaense de glórias: Britânia Sport Clube e Clube Atlético Ferroviário. No dia 29 de junho de 1971, os três, como velhos samurais, combinaram fazer um harakiri e morreram juntos para dar vida ao Colorado Esporte Clube. Mas esta já é uma outra história.