Na primeira entrevista a jornalistas, publicada pela revista Época, dois controladores de vôo que trabalhavam no dia do choque entre o jato Legacy e o Boeing da Gol afirmam que os equipamentos de controle de tráfego aéreo induziram a torre a erro. O software dos computadores utilizados pelos controladores informou que o Legacy voava na altitude autorizada em seu plano de vôo (36 mil pés) quando, na realidade, estava em rota de colisão com o vôo da Gol, a 37 mil pés. Segundo eles, no dia do acidente, também havia falha na comunicação entre os aviões e a torre de controle. Pilotos de duas aeronaves da TAM relataram naquele mesmo dia dificuldades para entrar em contato com o pessoal do controle em Brasília. Os dois disseram que houve "falta de freqüência" nas transmissões por rádio.
Apesar de a Aeronáutica negar, os controladores garantiram que há zonas cegas que não são alcançadas pelos radares. "É um grande retângulo, que pega o norte de Mato Grosso, Tocantins e chega até a Bahia", afirmou um deles. De acordo com os profissionais, para percorrer essa zona cega, o Boeing da Gol deveria consumir 15 minutos. "O vôo da Gol havia saído da área de Manaus às 15h35 e deveria entrar na área de Brasília às 15h50 ou seja, 15 minutos depois. Era só o tempo de passar da zona cega. Deu 17h20 e nada", relatou um dos controladores.
Com o desaparecimento do Boeing da Gol dos radares, os controladores afirmaram que ocorreram crises de choro e até desmaios de pessoas que integravam a equipe de controle. "Estou tomando remédio para dormir porque a imagem que vem à minha cabeça é o piloto brigando com a aeronave para não cair. E ele foi achado com a mão no manche", contou um dos controladores à revista Época.