O Ministério da Justiça afirma que pedidos de indenização por prejuízos físicos e psicológicos sofridos pelos ex-militares que participaram da Guerrilha do Araguaia deverão ser feitos à justiça comum. Segundo o ministério, apenas perseguidos políticos ou pessoas que tiveram prejuízos financeiros ou profissionais durante a ditadura militar são atendidos pela Comissão de Anistia ou têm seus direitos garantidos pela lei 10.559, de 13 de novembro de 2002.

A Comissão de Anistia do Ministério da Justiça é responsável pela análise dos pedidos de indenização formulados por pessoas que – no período de 18 de setembro de 1946 a 5 de outubro de 1988 – foram impedidas de exercer atividades econômicas por motivos exclusivamente políticos. Já a lei trata do regime do anistiado político, da declaração da condição de anistiado político, da reparação econômica de caráter indenizatório e também não atende às demandas dos ex-militares.

As perdas dos ex-militares teriam sido causadas entre 1972 e 1974, durante conflitos armados contra militantes do PCdoB nas proximidades do Rio Araguaia, no Pará. O grupo de ex-soldados do Exército, que hoje pede uma compensação, é formado por civis que haviam se alistado no quartel do Exército de Marabá para o cumprimento de serviços militares obrigatórios. Eles atuaram em combates na cidade de Xambioá – hoje localizada no estado de Tocantins.