O governo já sabia que a queda do Boeing 737-800 da Gol, em 29 de setembro, no Mato Grosso, não tinha deixado sobreviventes, mas demorou 48 horas para revelar a informação. Segundo a revista IstoÉ, enquanto os parentes dos 154 passageiros aguardavam notícias da colisão entre o Boeing e um jato Legacy, a cúpula da Aeronáutica, da Infraero e da Agência Nacional de Aviação Civil (Anac) já estava certa de que o acidente tinha resultado em tragédia.

Durante os dois dias em que o País aguardava notícias de sobreviventes, cinco homens do Para-Sar, o esquadrão de elite da Aeronáutica, desciam de rapel no local da queda, de acordo com a revista. "Os homens desceram de rapel e pernoitaram. Passaram a noite lá, junto (dos corpos), numa operação extremamente complicada", declarou o presidente da Infraero, brigadeiro José Carlos Pereiral, a IstoÉ. Pereiral justificou a demora em confirmar a tragédia dizendo que "é difícil dar a primeira notícia às pessoas", mas acha que uma avaliação sobre o caso talvez se faça necessária futuramente.

Quase dois meses após o acidente, as investigações continuam apontando para uma sucessão de falhas que teriam provocado a tragédia. Um relatório final só deve ser divulgado em oito meses mas já é possível dizer que houve falha de comunicação em Brasília e falta de funcionamento adequado do transponder. Especula-se também que pode ter contribuído para provocar a tragédia um diálogo impreciso entre a torre de controle de São José dos Campos, local de onde partiu o jato, e os pilotos do Legacy.

Logo após a tragédia, como é praxe em casos de acidentes, controladores de vôo de Brasília entraram em licença médica.