Em 2007, a Controladoria-Geral da União (CGU) remeteu ao Tribunal de Contas da União (TCU) 1.459 processos identificando suspeitas de irregularidades na aplicação de verbas públicas. Os processos – classificados como Tomadas de Contas Especiais (TCEs) no jargão do serviço público – apontam prejuízos de R$ 661,7 milhões na aplicação de recursos federais.
Os problemas estão localizados nas transferências de dinheiro feitas pelos ministérios a Estados, prefeituras, hospitais, santas casas e entidades sem fins lucrativos, como organizações não-governamentais, organizações da sociedade civil de interesse público (Oscips) e sindicatos. Do total, somam R$ 157,2 milhões os indícios de irregularidades como o superfaturamento de serviços ou obras, pagamento irregular de despesas, apresentação de comprovantes fraudados nas prestações de contas, licitações viciadas, não comprovação de aplicação dos recursos repassados ou aplicação do dinheiro em outro tipo de ação, diferente da prevista no convênio, e retenção de recursos não aplicados (quando sobra dinheiro, ele deve ser devolvido ao Executivo).
A execução de obras ou serviços pela metade responde por outros R$ 110,5 milhões em prejuízos ao erário. Falta de documentos, divergências entre as informações prestadas ou entre os documentos apresentados e as fiscalizações nos locais dos projetos somam outros R$ 123,6 milhões sob suspeita. Casos de omissão da prestação de contas – prefeituras e entidades recebem os recursos, mas não remetem nenhum documento comprovando a execução das obras ou serviços contratados – são R$ 125,6 milhões do total. Prejuízos causados por servidor ou empregado somam R$ 77,7 milhões e cobrança irregular de serviços hospitalares totaliza R$ 61,7 milhões.