A Câmara dos Deputados aprovou 168 proposições em 2006, das quais 60 medidas provisórias, 37 projetos de lei, 6 propostas de emenda à Constituição (PECs), 6 projetos de lei complementar, 46 projetos de decreto legislativo e 9 projetos de resolução e 4 representações. Entre as principais propostas aprovadas pelo plenário em 2006 estão a criação do Fundeb, que vai financiar desde a educação infantil até o ensino médio; e do SuperSimples, o regime de tributação diferenciada para micros e pequenas empresas; a regulamentação da súmula vinculante para otimizar o trabalho da Justiça; e da política de saneamento básico.
Ainda que não tenha havido unanimidade entre os partidos, uma das matérias mais importantes para as eleições foi aprovada neste ano pela Câmara: a Emenda Constitucional 52 (PEC 548/02), que decretou o fim da obrigatoriedade da verticalização das coligações nas campanhas eleitorais. A emenda deixa claro que os partidos políticos terão autonomia para estabelecer os critérios de escolha e o regime de suas coligações, sem a obrigatoriedade de vincular as alianças nas candidaturas em nível nacional, estadual ou distrital e municipal.