Em baixa no comando técnico do Botafogo, Caio Júnior busca a reabilitação no Campeonato Brasileiro diante de um adversário que ele nunca conseguiu passar na Arena da Baixada. Frente ao Atlético, o treinador encarou três duelos no Joaquim Américo e perdeu todos, em 2006, 2007 e 2008.
Na sua primeira partida no Caldeirão, o comandante do Botafogo foi goleado por 4 a 0, quando treinava o Paraná Clube. No ano seguinte, no comando do Palmeiras, nova derrota por 2 a 1. Já vestindo o agasalho do Flamengo, em 2008, o técnico sofreu nova goleada: 5 a 3.