O Naviraiense será mesmo o adversário do Atlético na 3.ª fase da Copa do Brasil de 2013. O time sul-matogrossense foi absolvido pela 3.ª comissão disciplinar do Superior Tribunal de Justiça Desportiva (STJD) pela escalação irregular do volante Bahia, no jogo de ida contra o Paysandu, no dia 8 de maio, em Naviraí, quando o Papão venceu por 1 x 0. A equipe do Centro-Oeste foi perdoada por 5 votos a 1 e teve a sua vaga na próxima etapa da competição nacional confirmada para encarar o Furacão.
A denúncia apresentada ao STJD apontava a irregularidade na escalação do jogador Bahia pela falta de vigência do seu contrato com o Naviraiense. O vínculo do volante com o time sul-matogrossense venceu no dia 7 de maio, um dia antes da partida contra o Paysandu. Por sua vez, os dirigentes da equipe de Naviraí alegaram que enviaram um termo aditivo ao contrato de Bahia à CBF, mas o documento não foi regularizado no Boletim Informativo Diário (BID) da entidade.
Desta forma, os auditores do STJD não viram nenhuma irregularidade capaz de punir e eliminar o Naviraiense da Copa do Brasil deste ano. O representante do Mato Grosso do Sul no torneio conseguiu a vaga na 3.ª fase ao vencer o Paysandu no jogo de volta por 2 x 0, em Belém. Com a classificação confirmada, as partidas do Naviraiense contra o Atlético não foram definidas, mas vão acontecer somente em julho, depois da parada que as competições nacionais sofrerão por causa da Copa das Confederações.