A Copa São Paulo de Futebol Júnior foi inflada a tal ponto que ficou inviável manter a tradicional fórmula com fase de grupos e cinco rodadas de mata-mata. Para conseguir colocar 112 times num torneio de 23 dias, a Federação Paulista de Futebol (FPF) inovou e criou um mata-mata que não elimina. Uma das equipes que for derrotada nas oitavas de final vai jogar as quartas mesmo assim.
Pelo regulamento da Copinha 2016, serão 28 grupos, cada um deles com quatro equipes. Avançam os dois primeiros colocados, de forma que a primeira rodada de mata-mata terá 56 times. A segunda rodada será disputada por 28 equipes e as oitavas de final por 14. Para que as quartas de final tenham oito times foi criada a anomalia.
Pelo que aponta o regulamento da competição, a última vaga nas quartas será do time de “melhor campanha” entre os perdedores das oitavas de final, levando em consideração todas as fases anteriores do torneio.
Outra novidade é que a tabela da competição já aponta as possibilidades de cruzamento no mata-mata. Os times dos grupos 1 e 2 se enfrentam na segunda fase, voltam a jogar entre si na terceira, depois o vencedor joga contra o melhor dos grupos 3 a 4. Nas quartas, pega quem passar entre 5, 6, 7 e 8. Isso vale também do 9 a 16 e do 17 ao 24. O melhor dos grupos 25 a 28 joga nas quartas contra o derrotado de melhor campanha.
Isso significa que Corinthians, Palmeiras, São Paulo e Santos não podem se enfrentar antes das semifinais, a não ser que um deles seja derrotado nas oitavas e se mantenha vivo. A mesma regra vale para Flamengo, Fluminense, Botafogo e Vasco. Grêmio e Inter estão no mesmo quadrante, que é diferente de Cruzeiro e Atlético-MG.