Desde 2013, essa será a quinta vez que o Atlético vai usar, pelo menos em algum momento do Campeonato Paranaense, um time alternativo. O único ano em que disputou com os titulares desde as primeiras rodadas foi em 2016, quando foi campeão paranaense após sete temporadas. Com a estratégia de usar um time da base, o maior legado do clube tem sido os jogadores pratas da casa que se destacam no Estadual e podem ser usados no grupo profissional ou que rendem retorno financeiro.
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Na volta de Mario Celso Petraglia ao Furacão, em 2012, a opção foi pelo time principal no Paranaense, pois o Rubro-Negro tinha acabado de ser rebaixado para a Série B e não tinha condições para montar dois times. No entanto, no ano seguinte, a política de deixar o Campeonato Paranaense foi reforçada. O Atlético fez uma pré-temporada na Espanham, onde foi campeão do Torneio Marbella Cup, com os principais jogadores do elenco. No Estadual, a disputa aconteceu com um time sub-23 que tinha até comissão técnica diferente. O projeto foi comandado na beira do gramado por Arthur Bernardes e com o elenco profissional em pré-temporada por quatro meses, a responsabilidade dos garotos aumentou naquela oportunidade.
Além do vice-campeonato, a formação alternativa rendeu bons frutos. O destaque daquele time foi Douglas Coutinho, que terminou a competição como artilheiro do Furacão, com 12 gols. Um dos nomes mais criticados pela torcida, o atacante disputou duas Libertadores pelo clube e na atual temporada foi emprestado para o Ceará.
O time de 2013 foi responsável por revelar também o volante Hernani, que frequentou o sub-23 até 2015 e logo depois se tornou titular indiscutível da campanha que levou o Furacão para a Libertadores em 2016. Hernani se converteu em lucro, sendo negociado por R$28 milhões para o Zenit, da Rússia. Atualmente está no Saint-Étienne, da França.
Em 2014, enquanto a equipe principal disputava a Libertadores, o sub-23 jogava o Estadual sob o comando de Petkovic. Naquele ano, o Rubro-Negro foi eliminado nas semifinais pelo Londrina. O grande nome da equipe era o meia Marcos Guilherme, que chegou a ser considerado por Petraglia como o maior talento revelado pelo Atlético nos últimos anos. O atleta foi responsável pelos dois gols que fizeram o Furacão passar pelo Paraná Clube nas quartas de final, no grande momento daquele time no torneio. Marcos Guilherme também enfrentou a resistência da torcida quando foi para o time principal e hoje está no São Paulo.
O meia Nathan, que acabou não se firmando na equipe principal, foi negociado com o Chelsea. No clube inglês, ele também não teve chances e tem rodado por vários times da Europa por empréstimo.
Mas o principal legado do projeto de 2014 foi o volante Otávio. Titular e destaque da equipe principal no Brasileirão de 2015 e 2016, o jogador foi vendido no ano passado para o Bordeaux, da França, por R$ 27 milhões de reais.
Em 2015, o projeto de usar o time sub-23 foi interrompido com cinco rodadas. Em meio a uma guerra política com a Federação Paranaense de Futebol, Petraglia decidiu mudar o planejamento e escalar os titulares no restante do Estadual e deu tudo errado. O Atlético foi parar na disputa do Torneio da Morte para evitar o rebaixamento e passou por um dos grandes vexames da sua história recente. O meia/lateral Sidcley foi o que sobrou daquele time.
No ano passado, o Rubro-Negro trabalhou com um elenco apenas, mas com escalações bem distintas. Na maioria dos jogos do Paranaense uma equipe alternativa diferente era utilizada. O time de jovens sofreu e se classificou no mata-mata em oitavo lugar. As atenções estavam divididas com a Libertadores, mas mesmo assim a equipe principal foi usada em alguns jogos, inclusive nas finais contra o Coritiba.
O volante Matheus Rossetto foi um dos poucos destaques da equipe que disputava os dois torneios. Mesmo com 60 jogos pelo time principal em 2017, o jogador de 21 anos está treinando com o grupo de aspirantes que vai jogar o Paranaense. Outro destaque é o atacante Ribamar, titular durante a campanha do Brasileiro, com cinco gols marcados, e que também está se preparando com o elenco que será dirigido por Tiago Nunes.
Para o Campeonato Paranaense deste ano, o Atlético vai inscrever os jogadores do time aspirante. De acordo com o regulamento da competição, o número máximo de inscrições por clube é de 30 atletas, podendo haver até cinco substituições durante toda a Primeira Taça. Por isso, o clube não deve fazer grandes mudanças no planejamento.